V prvohorách byl celý kraj dějištěm velkých katastrof a živelných pohrom. Tzv. variské horstvo dosahovalo výšky a mohutnosti Alp. Bujná vegetace stromovitých přesliček a plavuní je pokrývala. Podnebí bylo vlhké, bouřlivá atmosféra způsobovala četné živelné katastrofy, jimiž byly lesy tajnosnubných stromů zničeny a materiál z horstva byl snášen do údolí. Katastrofy byly zvyšovány vulkanismem - tehdy vyvřely právě melafyry a porfyry.
Kozákov byl v době permokarbonu sopkou v krajině, která oplývala sopkami a jezery jako dnešní Nový Zéland.
Po miliónech let přišla doba křídová. Moře zalilo celé severní Čechy a Kozákov se stal částí mořského pobřeží. Moře se zde zdrželo několik miliónů let. Poznenáhlu ustupovalo a zanechalo po sobě pusto. Pobřeží bylo ploché, Kozákov zmizel téměř úplně a krajina byla jednotvárnou stepí.
Nastala doba třetihorní a s ní nové katastrofy. Nade dno ustoupivšího křídového moře - dnešního Turnovska - bylo vyzdviženo sopečnými silami dnešní Železnobrodsko a Semilsko. Vznikl rovenský zlom a pod Kozákovem byly vyneseny do výše nejstarší křídové usazeniny. Do dna bývalého křídového moře vniklo mnoho čedičových žil (Vyskeř, Trosky, Mužský, Sokol). Také kozákovská sopka ožila. Vrchol Kozákova je tudíž tvořen lávovým čedičovým polem, místy (u Komárova) provázeným starým sopečným popelem, tzv. Červenými tufy. Láva stékala k východu přes Komárov až k dnešním Podmoklicím a odtud úzkým lalokem až ke Smrčí. Tak se tvořila dnešní podoba kozákovského pohoří.
Základ Kozákova tvoří kozákovský mandlovec, tj. Mandlovcový melafyr, v jehož dutinách se usadily křemičité rosoly a daly tak vznik proslulým kozákovským achátům. Tato hornina je tedy matečnou horninou kozákovských polodrahokamů, které tak Kozákov proslavily. V kamenech vyhaslé sopky, Kozákova, je tedy zapsáno tajemství zrodu Země, ale je to písmo srozumitelné jen těm, kteří se mu učí s nadšením a láskou.
Dávno ty tam jsou bouřlivé doby počátků naší planety. Již dlouho zde vládne klid a jen nenápadně se mění krajina vlivy přírodních živlů a v poslední době i činností člověka.
Turisté a ostatní návštěvníci již dávno objevili kouzlo Kozákova. Jistě nebude na škodu ocitovat z průvodce „Riegrova turistická stezka a jiné půvabné kouty na Železnobrodsku a Semilsku“, kterého vydal Jan Kamenický v roce 1910: „ Kozákov těší se sice dosti četné návštěvě turistů i hromadných výletů školních i soukromých, přece však ne takové, jak by jeho výše oceněný turistický význam zasluhoval. Vadu hledati hlavně v tom, že chybí ze všech stran upravené cesty turistické až na vrchol Kozákova, jaké ponejvíce všude na vyhlídkových vrších jsou, kromě toho pak nenaleznete na samém vrcholu restauraci, v níž by se Vám mohlo dostati žádoucího občerstvení po namáhavém stoupání a v níž byste hledali útulku v případě náhlé nepohody. Vadám těmto nebude odpomoženo, dokud nebude na vrcholu Kozákova postavena Riegrova mohyla, která zajisté dovede pak zlákat tam tisíce turistů a vnese Kozákovu nový turistický život, pozdvihne jeho turistický význam, takže Kozákov bude pak v pravdě hrdě vévodit celému malebnému Pojizeří a Podkrkonoší.“